Những bằng chứng khảo cổ cho thấy Faiyum có niên đại ít nhất là từ Thời kỳ đồ đá giữa. Ở phía bắc hồ Qarun (tên gọi khác của hồ Moeris) là nơi Gertrude Caton Thompson và Elinor Wight Gardner đã tiến hành rất nhiều cuộc khai quật để tìm kiếm những di tích từ thời đồ đá giữa đến thời đồ đá mới, cũng như một cuộc khảo sát chung cho toàn khu vực[5]. Khu vực này gần đây được nghiên cứu bởi một nhóm thuộc Dự án Fayum UCLA/RUG/UOA[6][7].

Trong thời đại trị vì của các pharaon, thành phố Faiyum ngày nay được gọi là Shedet. Đây là trung tâm sùng bái của vị thần cá sấu Sobek, chúa tể của Faiyum. Vì lý do này mà sau khi người Hy Lạp chiếm đóng Ai Cập đã đặt tên nó là Crocodilopolis (Κροκοδειλόπολις). Người dân của thành phố này rất tôn sùng cá sấu. Tại đây, cá sấu được thuần hóa và nuôi trong hồ thiêng, được cho ăn thịt và bánh ngọt và được đeo trang sức quý đầy mình[8]. Chúng được đặt tên là Petsuchos, khi một Petsuchos chết đi, xác của chúng sẽ được tiến hành ướp như con người, và một Petsuchos sẽ được thay thế[9].

Dưới thời Ptolemaios, có một khoảng thời gian thành phố được gọi là Ptolemais Euergetis[10]. Vua Ptolemaios II Philadelphos đổi tên thành phố theo tên người chị em, đồng thời là vợ của mình Arsinoë[11]. Dưới đế chế La Mã, Arsinoe đã trở thành một phần của tỉnh Arcadia Aegypti. Để phân biệt với các thành phố khác cùng tên, nó được gọi là Arsinoe ở Arcadia.

Dưới sự xuất hiện của Kitô giáo, Arsinoe trở thành nơi ngự trị của các giám mục[12]. Tuy nhiên, sang thời Công giáo Rôma, Arsinoe ở Arcadia không còn được coi là nơi ở của các giám mục nữa[13].